Испания, 1944 год. В густых лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, десятилетняя мечтательница с богатым воображением, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Их принимает отчим девочки — капитан Видаль, безжалостный офицер армии Франко, одержимый идеей уничтожить повстанцев любой ценой. Одинокая и неприкаянная, Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Во время своих прогулок девочка обнаруживает поблизости таинственный заброшенный лабиринт. Ведомая волшебной феей, она проникает в его сердцевину, где встречает загадочного Фавна — хранителя подземного царства. Существо открывает Офелии невероятную тайну: она — потерянная принцесса магического королевства, которую безуспешно разыскивал её отец на протяжении столетий. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.